咽畸胎瘤通常可以通过以下方法进行鉴别诊断：
1. 综合病史和症状：畸胎瘤病人往往有颈肿物，可有言语、吞咽困难甚至呼吸困难等表现。
2. 影像学检查：包括CT、MRI、超声等，可以大致确定肿瘤位置、大小、形态等。
3. 组织病理学检查：通过活检获取病变组织，进行染色或免疫组织化学检查，明确诊断。
4. 检查血清中胎儿甲胎蛋白和人绒毛膜促性腺激素：这些生物标志物的升高可以提示畸胎瘤的存在。
需要注意的是，畸胎瘤具有较大的异质性，表现出的症状和体征因人而异，因此需要综合考虑以上几种检查手段来确诊和鉴别诊断。
