肠镜正常但仍然有腹痛可能是由于以下原因之一：
1. 肠道刺激：在肠镜检查过程中，肠道内部会受到一定程度的刺激，可能导致肠道炎症和肌肉痉挛，从而引起腹痛。
2. 肠道结构病变：即便肠镜检查正常，仍然有可能存在一些肠道结构病变影响肠道功能，例如肠道扭曲、粘连、肠壁增厚等，这些问题可能对肠道蠕动产生影响，导致腹痛。
3. 消化系统疾病：肠镜检查只是对肠道的检查，但不包括胃和胰腺的检查。因此，如果患者有消化系统疾病（如胃溃疡、胆囊炎等），可能会导致腹痛。
建议您再次咨询医生，以确定可能导致腹痛的具体原因。
