缺血性肠病主要与各种功能性胃肠病，炎症性肠病，憩室炎，急性细菌性肠炎，肠结核，肠型白塞病，结肠癌，肠道恶性淋巴瘤等多种疾病相鉴别。提高对本病的认识和警惕性，有助于早期辨别和减少误诊。
缺血性肠炎最常被误诊为炎症性肠病，但缺血性肠炎具有症状消失快，内镜下病变恢复快的特点，有别于其他肠道疾病。
溃疡性结肠炎和克罗恩病，多见于中青年，缺血性肠炎者多见于中老年人，缺血性肠炎及肠镜下病变粘膜和正常黏膜境界清楚，活检后出血少，溃疡为纵形。多沿肠系膜侧分布，罕见炎性息肉和肉芽肿形成是本病内镜下表现的主要特征。
