犯罪
刑事处罚的程序由刑事诉讼法规定，涉税刑事案件的处罚是刑事处罚的一个分支，其程序也应遵循刑事诉讼法的规定。通常情况下，涉税
犯罪案件的查处要经过
立案、侦查、批捕、起诉和审判。按照目前我国司法机关的分工，
立案、侦查由公安机关负责;批捕、起诉由检察机关负责;审判由人民
法院负责。
1、
立案与税务行政处罚相同的是，公安机关对于涉税
犯罪案件行为，也有一个受理线索和材料的环节。这些线索中既有公安机关自行查获的，也有税务机关移送的(如偷税数额占应纳税额的比例在10%以上并且偷税数额在1万元以上的，或者因偷税被税务机关给予2次行政处罚又偷税的，税务机关就要移送公安机关)。公安机关对这些线索和材料经过初步审查后决定是否
立案。
2、侦查
凡是
立案的涉税
犯罪嫌疑人，公安机关都要逐一进行侦查，充分利用刑事诉讼法赋予的手段和方法，收集证据。一旦证据确凿，公安机关就会提请检查机关批准逮捕
犯罪嫌疑人。
3、批捕
检察机关认为公安机关侦查预审的案件基本事实清楚，证据确凿，就会签发逮捕令，交公安机关执行逮捕。
4、提起公诉
犯罪嫌疑人被捕后，检察机关就要进一步审查案情，审阅案卷，决定是否起诉。凡是决定起诉的案件，检察机关就要准备好起诉书，向人民
法院提起公诉。
5、审判
人民
法院对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确的指控
犯罪事实并且附有证据目录，证人名单和主要的证据复印件或者
照片的，就会决定开庭审判，做出有罪或无罪判决，对判决不服的可以上诉(检察机关不服可以抗诉)，
法院将依法做出终审判决。
6、执行
判决和裁定发生法律效力后就要执行，发生法律效力的判决和裁定包括三种：(1)已过法定期限没有上诉、抗诉的判决和裁定;(2)终审的判决和裁定;(3)最高人民
法院核准的的判决。
