产生低电平为0v，高电平为5v的500k时钟？？

观察到的高低电平是2.6v，-2.6v，因为单片机是不可能输出负电压的，而你给的数据之差为5.2V,可认为是电源电压。是不是示波的问题？是不是什么参数没调好？

如果不是仪器的原因，那么你可以用NE5532,LF412,LM324等芯片做一个比较器，那么当电压低于0时输出0（单电源），大于某值（如1V,具体的可以分压）时输出芯片供电电源。