小儿特发性肺含铁血黄素沉着症原因尚未完全明确，目前认为可能与以下因素有关：
1. 遗传因素：研究显示，小儿特发性肺含铁血黄素沉着症可能与遗传有关，特别是与HFE基因的突变有关。
2. 长期吸入铁质颗粒：小儿特发性肺含铁血黄素沉着症患儿常常长期暴露在铁质颗粒较多的环境中，如在工厂、煤矿等工作环境中，或在烧烤等户外环境中，吸入大量铁质颗粒，导致肺部铁质沉着。
3. 免疫系统异常：免疫系统异常可能也是小儿特发性肺含铁血黄素沉着症的原因之一。
其中，遗传因素和吸入铁质颗粒是较为常见的引发小儿特发性肺含铁血黄素沉着症的因素。
