小儿先天性面肌双瘫综合征的鉴别诊断需要结合病史、临床表现和实验室检查。
病史：考虑早期出现的面部肌肉无力和麻痹，以及面部表情不自然的病史。
临床表现：该综合征主要表现为两侧口角下垂、上睑下垂、鼻翼扁平和嘴唇闭合困难等面肌肌肉无力或麻痹症状。此外，还可能伴随着耳聋、颞下区乳突缺失等其他先天性症状。
实验室检查：可行神经电图(EMG)、磁共振成像(MRI)等检查来确定面肌肌肉麻痹的原因。在诊断过程中，还要排除其它可能的面肌瘫痪和神经骨骼肌疾病。
综合以上三方面的诊断方法，可以明确小儿先天性面肌双瘫综合征的诊断。
