在临床上按瘘管走行位置的高低将肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘，相对来说高位肛瘘手术难度比低位肛瘘要大，其术后的复发率比低位肛瘘要高得多，这是因为高位肛瘘的瘘管大多走形比较复杂，而且有可能瘘管的弯度比较大，所以在手术时会增加寻找内口的难度，从而会因为术中对肛瘘内口的遗漏处理而导致术后复发，总体的复发率大约在15%左右，而低位肛瘘由于瘘管偏直，内口也比较明确，所以其复发率非常低。所以对于一些高位肛瘘甚至高位复杂性肛瘘在手术前应该完善相关的检查，比如核磁共振，明确瘘管的走形，内口的位置以及数量后再行手术。
