肛瘘的形成过程有：
1.肛周脓肿。大部分肛瘘继发于直肠肛管周围脓肿，脓肿自行破溃，或切开引流形成外口，位于肛周皮肤上，由于外口生长较快，脓肿常假性愈合，导致脓肿反复发作破溃或切开，形成瘘管导致肛瘘。
2.细菌感染。细菌很容易侵入肛门隐窝，肛门腺导管和肛门腺体造成感染发病形成脓肿，最终破溃成为肛瘘。
3.直肠肛门损伤，来自消化道的骨性异物，金属及肛门窥器检查，均有可能损伤肛管直肠，细菌侵入伤口可引起肛周脓肿，最终导致肛瘘。
4.结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等非特异性炎症，恶性肿瘤及肛管外伤感染，也可引起肛瘘，但较为少见。
