肝癌的肿瘤标记物比较多，在临床上常用的：
首先是甲胎蛋白，AFP,它是至今为止发现最早，并且应用最广泛的肝癌肿瘤特异性的标志物。甲胎蛋白可以在症状出现前8个月就有异常，因此，对于肝癌的早期辨别很有意义。甲胎蛋白的水平与肿瘤的大小，以及病理的分级有关，还可以用于判断肝癌的预后；
其次，癌胚抗原CEA，对于辨别和鉴别辨别原发性肝癌以及转移性肝癌很有意义。原发性肝癌CEA可以不高，而转移性肝癌CEA的阳性率可以高达90%；
再次，岩藻糖苷酶afu对肝癌的早期辨别也很有价值，它与AFP联合检测，可以提高肝癌的辨别阳性率。
