AlphaFold3不开源，学界如何推动其开源？

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5月8日，DeepMind与Isomorphic LABS联合发布AlphaFold3，Nature迅速推出AF3加急版论文，同时AlphaFold Server（AF3在线预测平台）正式上线。这一动作再次引发全球关注，带来了新一轮的流量高峰。作为蛋白质结构预测领域的重大突破，AF3进一步推动了科学研究的边界。随后，人们发现AF3不开源，在线预测服务器存在诸多限制。9日，我以为DeepMind与Isomorphic LABS因商业利益不会开源AF3，但我错看了AF团队成员的格局，他们选择了开放。我为此感到欣喜，并向他们致以敬意。5月13日，DeepMind研究员Pushmeet Kohli发表推文，针对学术界的质疑作出回应。他宣布将调整在线服务器的免费任务提交上限，从每日每人10次提升至20次。同时，他还透露将在六个月内向学术界开放模型源代码，包含推理参数，以进一步促进研究合作与透明度。这一举措旨在缓解学界对资源限制和模型可用性的担忧。

这无疑是整个行业的好消息。太棒了！真是令人赞叹不已！科学国际主义万岁！这或许并非毫无缘由。5月11日，加州大学旧金山分校的计算结构生物学家Stephanie Wankowicz牵头起草了一封公开信，呼吁将AlphaFold3开源。截至5月14日，这份倡议已获得全球650位学者联署支持，其中不乏中国研究人员，如西湖大学的发杰、陈子博等。从联署情况来看，这一进展离不开学界的共同努力与争取。权利往往需要通过积极行动来实现。

这封公开信首先认可了AF3的突破性进展，随后强烈失望于其Nature论文既无代码也无可执行文件。AF3的成功依托以往科学成果，却选择闭源，违背了科学进步共享开放的精神实质。随后，公开信从可重复性和透明性两方面质疑了AF团队的闭源决策，认为这不利于研究的验证与公平性，也可能隐藏潜在问题。不开源导致审稿人无法复现实验以验证结果真实性，严重削弱了AF3论文的可信度。目前，AF团队对在线服务器的诸多限制，导致人们无法通过它完整验证论文结果。公开信驳斥了一种说法：认为AF3论文详细描述了算法并提供伪代码，就能替代源码。实际上，复现代码耗时费力且成本高昂，这对审稿人来说负担过重。即便论文结果可信，复现的代码也仅可能接近源码效果，难以完全等同。公开信承认商业公司逐利的合理性，旨在避免道德绑架。同时提醒企业，数据公开虽是双刃剑，但对学术成果过度专利封锁，可能会动摇甚至颠覆公司自身发展根基。公开信最后批评Nature出版社：准许AF团队发布论文却不开放源代码，存在双重标准行为。这类事情总是引发公众热议的好时机。科学杂志自然不会错过机会，借此对自然杂志进行一番调侃（如下）。

服务器

科学编辑部对公开信的主要发起人斯蒂芬妮·万科维奇进行了采访，她透露了一则有趣的内部消息：阿尔法折叠3论文的评审人之一罗兰·邓布拉克多次致函自然编辑部，申请以评审人身份审查源代码，但都被拒绝了。这一情况展现了学术评审背后的复杂性。因此，Science编辑部强烈批评Nature出版社，指其规定论文发表需即时开放代码，却纵容AF团队连对审稿人都不公开，这是对其规则的公然违背，难以容忍。Nature编辑部如同一名交警，对某些超速车辆置之不理，畅通放行，却频繁处罚那些仅因未完全停在停止标志前的车辆，标准不一，令人质疑。

Dunbrack团队开发的SCWRL程序，用于根据蛋白质主链计算侧链旋转异构体，至今仍处于领先地位。Jumper博士毕业论文的重要目标之一，就是设计一种算法，在保证预测精度接近SCWRL的同时，将速度提升百倍，而他确实做到了。当时，导师问他新软件叫什么名字好，Jumper脱口而出：Chipmunk吧，这和SCWRL完全没关系。哈哈，满屋人都被逗笑了。这一命名虽无特殊含义，却充满趣味，令人印象深刻。笑话有点冷吧？因为SCWRL读起来像松鼠。Roland Dunbrack在蛋白计算领域资历深厚，敢于直言，即便暴露审稿人身份（AF论文的双盲评审实质为单盲），也坚持公开表达观点。这种老科学家的担当与表率精神值得敬佩和学习。学者普遍希望：要么遵循学术路线，发表期刊，按惯例开源；要么不发论文，仅挂arXiv也行，自行专利保护即可。话说，Science编辑部难道没做过类似的事？大家半斤八两，就别互相嘲讽了。英国拥有自然、DeepMind和Isomorphic LABS等知名机构，而美国的科学杂志对本土部分研究团队 likewise 采取相对宽松态度，这很正常。昨天我仔细阅读了AF3的论文，与David Baker团队同日发表的RoseTTAFold-AA论文相比，后者的流程图清晰度不足。这种不清晰表现在两方面：一方面，流程描述过于概括，数据流动不够明确；另一方面，图表分辨率较低，影响理解。

这图连像素都看得到了，清晰度堪比用写专利的态度写论文。不过红圈里的箭头是歪的，做工太粗糙了。Science杂志对图片像素应该有要求吧？虽然我没细查，但作为主图Figure 1，这张图显然不达标。确实，借用Science评论中的交通警察比喻，图片清晰度不足也许只是没做到完全停车，而不开源代码则像是超速甚至闯红灯，两者严重程度有所不同。同样道理，放松或双重标准，对顶级牛人团队就适用吗？我还想说一件其他的事情。AF3在线服务器会检测用户提交的序列，若包含特定病毒病原（未明确种类），将拒绝预测。此内容在上篇讨论中已提及（详见下文）。科学的评论也提到了这一点，更加具体地指出是出于生物安全（BIOSecurity）的考量。尽管在上周接受福布斯采访时，Jumper公开表示生物安全专家认为相关风险极低，但这表明AF团队确实向生物安全专家进行了明确咨询。他们所展现出的谨慎态度值得借鉴和学习。请聚焦关键词——生物安全、病原、病毒。思考：AF3是否可能被用作军事目的或与生物战相关？这值得探讨。为何我非要联想到那么远？上周5月10日，美国商务部对包括我本科母校中国科大在内的37家中国科研机构实施新制裁。5月13日，美国POLITICO杂志发表通讯，探讨美中科研合作前景。

他认为，几乎所有的高科技发展，都有可能被应用于军事领域。根据上述关键词，按照POLITICO的逻辑，如果将来美国制裁中国研发超越AF3的机构和企业（一旦开源，许多单位很可能远超AF3），甚至直接禁止中国使用AF3，我完全不会意外。这反映了技术竞争背后的复杂博弈。可能吗？有风险吗？需要预防吗？故事到此结束。二〇二四年五月十六日，地点：深圳。