刑事案件单位整体回避合理吗？

也是合理的。如果在一起刑事案件当中整个单位都涉及到与案件整体或者是当事人有直接的利害关系的那么整个单位都是需要回避的，这还是合理的情况也是法律中所明确规定条款，需要涉及的相关人员严格执行。