制药中使用的常见菌种包括：
1. 大肠杆菌：广泛应用于生产重组蛋白、人类生长激素、干扰素等蛋白质及抗生素等药品。
2. 酵母菌：可以用来生产食品级、药品级和化妆品级的B群维生素、单胺氧化酶抑制剂、植物营养素等。
3. 真菌：广泛应用于生产青霉素、链霉素、曲霉素、克霉唑等抗生素以及抗真菌药物。
4. 细胞菌：生产可口性龙珠素等。
5. 嗜热菌：可用于生产蛋白、多肽和酶等。
6. 泡沫孢子杆菌：可用于生产工业酶、鼻炎药、抗体等。
以上只是举几个例子，制药中使用的菌种非常多，不同的菌种根据不同的药品需要进行选择。
